内容紹介
Summary
Immune checkpoint blockades have brought about great benefits to cancer patient survival; however, the effect is yet limited and the overall objective rates are not satisfactory across cancer types. Understanding T cell discrimination against cancer and development of biomarkers are both indispensable for future application. In this brief review, we introduce proteogenomics HLA ligandome analysis, which combines conventional proteomics using mass spectrometry with genomic analysis data. The approach directly and comprehensively captures immunopeptidome of cancer cells, revealing an unprecedented number of antigens that can be targeted by T cells. Intriguingly, the repertoire comprises unique classes of peptides: neoantigens that arise from gene mutation, spliced peptides generated by the proteasomes, and non-coding region derived peptides. These findings demonstrate the diversity of T cell discrimination against cancer cells, and the accumulation of individual antigen data would contribute to development of precision medicine.
要旨
免疫チェックポイント阻害剤の臨床効果から,がんに対する患者T細胞免疫応答が明らかとなった。しかし奏効率の改善が大きな課題であり,そのためにはprecision medicineの実現,すなわち作用メカニズム理解とバイオマーカー開発が欠かせない。近年ゲノミクス応用によりT細胞認識の鍵,がん抗原の理解が進んだ。患者T細胞のがん認識パターンを抗原面から解明できれば,効果予測のみならず治療標的としても実用化できる。本稿では,新しいプロテオゲノミクス解析をとおしてみえてきたHLA提示がん抗原像を解説する。遺伝子変異ネオアンチゲンをはじめ,従来法では困難な新しいタイプのがん抗原のダイレクトなスクリーニング・同定が可能となり,がん抗原パラダイムシフトが生まれつつある。
目次
Immune checkpoint blockades have brought about great benefits to cancer patient survival; however, the effect is yet limited and the overall objective rates are not satisfactory across cancer types. Understanding T cell discrimination against cancer and development of biomarkers are both indispensable for future application. In this brief review, we introduce proteogenomics HLA ligandome analysis, which combines conventional proteomics using mass spectrometry with genomic analysis data. The approach directly and comprehensively captures immunopeptidome of cancer cells, revealing an unprecedented number of antigens that can be targeted by T cells. Intriguingly, the repertoire comprises unique classes of peptides: neoantigens that arise from gene mutation, spliced peptides generated by the proteasomes, and non-coding region derived peptides. These findings demonstrate the diversity of T cell discrimination against cancer cells, and the accumulation of individual antigen data would contribute to development of precision medicine.
要旨
免疫チェックポイント阻害剤の臨床効果から,がんに対する患者T細胞免疫応答が明らかとなった。しかし奏効率の改善が大きな課題であり,そのためにはprecision medicineの実現,すなわち作用メカニズム理解とバイオマーカー開発が欠かせない。近年ゲノミクス応用によりT細胞認識の鍵,がん抗原の理解が進んだ。患者T細胞のがん認識パターンを抗原面から解明できれば,効果予測のみならず治療標的としても実用化できる。本稿では,新しいプロテオゲノミクス解析をとおしてみえてきたHLA提示がん抗原像を解説する。遺伝子変異ネオアンチゲンをはじめ,従来法では困難な新しいタイプのがん抗原のダイレクトなスクリーニング・同定が可能となり,がん抗原パラダイムシフトが生まれつつある。